Pajouhan Scientific Journal

fa بررسی بیوانفورماتیک اختصاصیت miR-222-3p در اتصال به ژن های درگیر در لوسمی لنفوبلاستیک حاد در کودکان Bioinformatic Evaluation of miR-222-3p Specificity in Binding to Genes Involved in Acute Lymphoblastic Leukemia in Children علوم پایه Basic Sciences مقاله پژوهشي Research Article <div class="rounded" style="background: rgb(238, 238, 238) none repeat scroll 0% 0%; border: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding: 5px 10px; text-align: justify;">سابقه و هدف: لوسمی لنفوسیتی حاد (Acute lymphocytic leukemia) ALL، نوعی سرطان است که بر روی سلول‌های سفید خون تأثیر می‌گذارد. این بیماری به سرعت پیشرفت می‌کند و نیاز به درمان فوری دارد. لوسمی لنفوبلاستیک حاد، شایع‌ترین نوع لوسمی است که کودکان را تحت تأثیر قرار می‌دهد. در خلال این بیماری افزایش مولکول miR-۲۲۲-۳p مشاهده شده است. از روش ریزآرایه می‌توان برای بررسی اتصالات این miRNA و ژن‌های هدف استفاده کرد، که این مورد با محدودیت‌هایی روبه‌رو است. بر همین اساس، در این مطالعه، از روش‌های کامپیوتری و بیوانفورماتیکی توسط نرم‌افزارهای مختلف و اختصاصی استفاده شد. مواد و روش‌‌ها: ژن‌های هدف با استفاده از الگوریتم‌های مختلف موجود در پایگاه‌های Mirbase، TargetScan، NCBI و RNAhybrid مشخص شدند و بر اساس امتیازات به دست آمده، اهداف دارای بالاترین تمایل شناسایی شدند. یافته‌ها: یافته‌های این مطالعه نشان داد که ژن‌های CDH۴، AJAP۱، HNRNPA۰، UBN۱ و ZNF۶۱۸ به عنوان اهداف بالقوه با اختصاصیت بالاتری برای miR-۲۲۲-۳p می‌باشند. نتیجه‌گیری: دو عامل میزان انرژی آزاد منفی و تعداد جفت بازهای تشکیل شده بین miRNA و UTR-۳’ ژن‌های مختلف در انتخاب اهداف با اختصاصیت و تمایل بالاتر نقش دارند.</div> <div class="rounded" style="background: rgb(238, 238, 238) none repeat scroll 0% 0%; border: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding: 5px 10px; text-align: justify;">Background and Objectives: Acute lymphocytic leukemia (ALL) is a type of cancer that affects white blood cells. The disease progresses rapidly mandating immediate treatment. ALL is the most common type of leukemia affecting children. An increase in the miR-222-3p molecule has been observed in the course of this disease. The microarray method can be used to examine the binding of this miRNA and target genes, which is not without limitations. Hence, the present study deployed computer and bioinformatics methods with different specialized software. Materials and Methods: Target genes were identified using different algorithms available in Mirbase, TargetScan, NCBI and RNAhybrid databases, and based on the scores obtained, the targets with the highest affinity were identified. Results: The findings of this study showed that the CDH4, AJAP1, HNRNPA0, UBN1 and ZNF618 genes are potential targets with higher specificity for miR-222-3p. Conclusions: Factors involved in selecting targets with high specificity and affinity is dependent on the amount of negative free energy and the number of base pairs formed between miRNA and 3'-UTR of different genes.</div> miRNA؛ لوسمی لنفوبلاستیک حاد؛ بیوانفورماتیک؛ miR-222-3p miRNA, Acute lymphocytic leukemia, Bioinformatics, miR-222-3p 188 193 http://psj.umsha.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-985-1&slc_lang=fa&sid=1 Mohammad Taheri محمد طاهری motaheri360@gmail.com 100319475328460014111 100319475328460014111 No Department of Microbiology, Faculty of Medicine, Hamadan University of Medical Sciences, Hamadan, Iran گروه میکروبیولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران Fatemeh Khavari فاطمه خاوری khavari.fateme@gmail.com 100319475328460014112 100319475328460014112 No Student Research Committee, Hamadan University of Medical Sciences, Hamadan, Iran کمیته تحقیقات دانشجویی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران Pejman Molaei پژمان مولائی pej.molaei@gmail.com 100319475328460014113 100319475328460014113 No Student Research Committee, Hamadan University of Medical Sciences, Hamadan, Iran کمیته تحقیقات دانشجویی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران Parisa Habibi پریسا حبیبی dr.habibi2007@yahoo.com 100319475328460014114 100319475328460014114 No Neurophysiology Research Center, Hamadan University of Medical Sciences, Hamadan, Iran مرکز تحقیقات نوروفیزیولوژی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران Fatemeh Nouri فاطمه نوری fatemenouri1@gmail.com 100319475328460014115 100319475328460014115 Yes Department of Pharmaceutical Biotechnology, School of Pharmacy, Hamadan University of Medical Sciences, Hamadan, Iran گروه بیوتکنولوژی دارویی، دانشکده داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران